根系扫描仪是一种根系分析仪器，主要用于洗根后根系分析工作，在现代的植物表型、植物生理研究工作中应用十分广泛。我们知道植物根系是植物重要的生理结构，它也是植物获得水分、养分元素的重要器官。因此当的植物根系状态不佳时，植物也会出现一定的病态，最终影响的作物品质产量。因此在现代农业生产工作中，人们总是会通过根系扫描仪等根系仪器来研究植物生长变化，提升种植管理技术。
根系扫描仪可分为对原位根系图像的分析仪，以及对洗根后的根系图像分析仪。一般都要求可分析根系的长度、直径、面积、体积、根尖数、分叉数、根交叉数等。专业些的根系扫描仪，还可分析植物根系的主侧根拓扑形态关系、连接关系，以及根尖部位的色彩变化，以便进行根系形态和构造研究。最新的根系扫描仪应具备大批量图像的全自动分析特性，用户可对自动分析结果进行局部的交互编辑修正，以确保数据的科学性。例如使用根系扫描仪对水稻根系进行研究分析。
人们通过该根系扫描仪观察发现如果水稻根部受损，吸收养分的能力下降，则会造成发育受阻，因此水稻会出现烂根、黑根、不长新根的现象，由此可见根系的生长状态对于水稻的影响很大。而当根系分析仪被应用到了植物根系研究当中，根系分析仪可以从根本上解决水稻肥料的利用率，可以研究水稻的抗伏倒性，对水稻的品质、延缓哀老、功能强、抗早性和耐受性等也有较好的效果。不仅促进了水稻育种的发展，提高了水稻栽培的产量和经济效益，同时也促进我国水稻产业的全面、可持续和平衡发展。
